最初是如何发现武汉新型冠状病毒为从未发现的新病毒?

anrey573

在通过对核酸的测定最终定论之前，医护人员最初是通过怎样的蛛丝马迹发现新病毒与已知病毒的不同（感染人群？症状？病人生理指标？…其他？）的？ 补充个疑问背景_____本人几个月前患上肺炎，在地方医院入院治疗。依据ct影像（和医生的经验？）初步猜测为支原体感染，并接受滴注抗生素治疗。入院第二天进行了痰培养和血检，血检HIV+呼吸病毒抗体7项+肺支肺衣抗体全阴性，几天后痰培养结果为“暂无结果” 。医生只是以效果欠佳…

铁笔居士

白肺

借一张柯文哲推广ECMO的图片——
具体的信息我不掌握。
只能从公开报道中推测。
因为白肺的症状是SARS的典型症状（急性呼吸窘迫），我估计接收病例的医院不敢怠慢，赶紧做了高通量测序验证？
而网络最早“传谣言”的时候是说武汉有肺炎病例，可能是SARS，并且附了一张高通量测序的图。
记得里面有两个病原体，一个是SARS，测到的序列不多，另一个是铜绿假单胞菌？（印象不深了），那个“谣言”的图我找不到了，谁有可以补一下。
上报之后就让各路专家来武汉，专家拿到样本之后就是鉴定病原了，都发现是病原是一种新型冠状病毒。
曾鉴定出非典源头的石正丽团队发表研究，新型冠状病毒受体与非典病毒相同，还有哪些关键信息？

孔子世家

大部分病（我没说肺炎）都是，莫名其妙的发烧，莫名其妙的吃药，莫名其妙的就好了，根本用不着看病，或者随便吃点什么柳树皮，或者吃点什么鬼东西，就好了。实际上到底有多少致病生物，多少人机会致病都不知道。 非典以后香港投钱做SARS类似的冠状病毒，发现了好几个类似病毒，命名成HKU1-9等等。。 你说以前没这些病毒么？  肯定有的。。




我注意到第一份病毒是1月5号提交到NCBI的，也就是说大概在元旦前就做出了数据。
做二代测序起码要1周吧，也就是12月20日左右发觉不寻常，获得病人的样品并且送到上海。。同时12月31日通知了世界卫生组织。
再倒推，为什么发现病人不寻常呢，
估计是像楼上说的，白肺，或者
重症但是常规细菌培养阴性，常规病毒诊断试剂盒阴性。。不明原因肺炎是重点监控的，现在有条件二代测序了吧。。
也就是大概12月15号左右入院。
也就是大概12月10日左右发病。。


外行看一些诊疗规范和国外的病例报告瞎猜的，不知道流程是不是这样。
如有错误请专业人士指出。。


同时大概12月底1月初网上有医务工作者发帖称有怪病被约谈。


这么看来其实武汉医疗系统反应也挺快的。

铁笔居士

据同学说，华中科技大学附属同济医院呼吸科的教授们看到第一例病人就觉得不对了，要求病人隔离，科室同事做好防护，之后仪器检测出是新型冠状病毒，所以同济医院呼吸科医护人员没被感染。教授们还是有水平的，临床上是有真本事的，请大家相信。肺炎病原体检测太难了！大部分病人都检测不出来，全世界都是如此。

赤月

已有方案治不好。
其实奇奇怪怪的细菌病毒多了，感染的以千百计，大部分情况下不需要治疗。医院开点对症的药，回去自己带口罩多喝热水躺两天，等免疫系统战胜就好了。所谓日常感冒绝大多数都是这种。
如果还没好一般怀疑病人抵抗力差，第一方案是一线广谱抗生素和抗病毒药，几针下去常见的感染也都解决了。没好转的话那么可能是不常见的感染，取样上一轮常规检验。是已知病原的话就有诊疗方案，用些二线强力抗生素，基本也能好转。
要是一线药物无效，细菌培养和病毒核酸检测没有结果，二线药物试过也无效，原本身体健康的病人进了ICU，还有集群发病传染可能，那就出大事了赶紧上报。

赤月

临床表现（白肺）、患者样本逐渐增加、药物控制不住，病原学一系列检测肯定立马跟上
实验室从阳性病人样本中分离出该病毒，电镜下呈现典型的冠状病毒形态。
加之基因组测序、核酸检测、病毒分离等方法对病人的肺泡灌洗液、咽拭子、血液等样本进行病原学检测，确认为新型病毒。
当初SARS的发现也是通过纯化获得电镜下的形态从而一步步确认的。
今天有人问我，这病毒要是纯化不出来，或者是纯化出来在电镜下看不出个种属特有的形态呢？又或者，能不能先于致病病毒感染人类之前找到他们呢？
我回忆起来之前看过的一篇文章，分享出来，一边看看科研人员每天都在忙些什么，一边看看能不能给大家提供新的科研思路。
如果怀疑一种尚未发现的病毒存在，如何通过实验或者观察证实其存在？距离最早发现肺炎病例已经过去快一个月了，希望大家都好

赤月

赤月

日常生活中引起肺炎的病原体有很多，细菌、病毒、衣原体支原体、甚至异物都能引起肺炎。
医生在医院里遇到各式各样的肺炎患者，都是正常的，做做痰培养，看看能不能找到病原体，抗生素按顺序用用，一般不会到达呼吸衰竭就会搞定。
当医生发现一例发展迅速，影像学上很快就发展到白肺，抗生素几乎没什么效果的病例时，医生就会重视，因为这种病人平时不常见。如果又出现一例，然后又出现一例，你说医生会不会奇怪，平时不常见的病人连续出现，症状类似，根据血、痰等化验的结果判定是病毒性的肺炎，就会分析是哪种病毒，分析不出来就提交上级医疗单位，上级医疗单位分析不出来就再提交更上一级单位，然后就能发现新病毒。

铁笔居士

《记录一下首次发现新型冠状病毒的经历》，疑似是华大的一位同行写的（如果不是华大，那友商可能是华大）
记录一下首次发现新型冠状病毒的经历忽略掉文章里比较主观的部分，只看关键节点。样本到位2019.12.24，处理完毕时间2019.12.26，“友商”提供的交叉验证的样本数据2019.12.30拿到。也就是说，12.26已经能确认病原是SARS-like冠状病毒，phylogenetic tree已经建好了，12.27组装完也能印证这一点，12.30时已经铁证如山。
我之前翻了NCBI和国家基因库的2019-nCoV的公开序列，发现最早上传的也是12.26，提交自华大（BGI），更多的样本是12.30提交的。总之，2019年，已经有足够的证据证明是SARS-like冠状病毒了。华大知道，医院知道，“友商”知道。12.30，金银潭医院也知道，武汉病毒所也知道，武汉病原所也知道，湖北、浙江CDC也知道，国家CDC也知道了。
明明已经知道了。结果，两周以后我们看到的新闻还是，“已排除流感、禽流感、腺病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）等其他呼吸道病原体为这次疫情的病因。”


唉，12月26号。

赤月

这次武汉肺炎疫情出现后，一方面因为是在海鲜市场周围聚集性发病，另一方面由于测序发现了类似于sars的序列，已经引起了国内外舆论和卫生部门的较高重视。12月底武汉病毒所、CDC病毒病所、医科院病原所等多家单位都拿到了样本并开始进行病原鉴定工作。通过高通量测序的方法，1月3日就拿到了这个病毒的全基因组序列，通过序列比对发现，这一病毒属冠状病毒，但与之前已知的冠状病毒均有差异，是一种新的病原体。

赤月

http://tv.cctv.com/v/v1/VIDEqHGaS6gzKEdORECZ5AVy180406.html


正规渠道、官方报道、CCTV2018年4月5日旧闻。直接拖到20分03秒观看

孔子世家

其实你得过的感冒大都是新的，突变太快了，要不你都有抗体了不会得的，只不过症状都差不多。这个是因为症状厉害了所以被单拎出来

赤月

所有第一次出现的都叫新型，有了自己的命名以后就不是新型了，等出现了下一款，又叫新型。

赤月

这次的新型冠状病毒是病毒变异，之前人没有感染过这个或者感染这个没有发病，而这次大规模的疫情，人传人的传染模式，引起了不可小觑的严重后果

赤月

2018年曾报道过新型冠状病毒，不知道是否是同一种病毒，不过名字一样，新闻里报道了，在武汉发现，据说上过国际学术期刊。报道里称已经研发了抗体和疫苗（不知道是不是给猪研发的）。
下面是原新闻链接:
【[新闻直播间]科学家发现新型冠状病毒】https://dwz.cn/7ru3vKqI?u=092843bac3f70ccf

铁笔居士

因为是从蝙蝠血里面的病菌引发而来的，所以医生们都没有接触过这一方面，才被称为是新型冠状病毒，因为他的形状是成皇冠型的

孔子世家

多家第三方检测机构运用mNGS技术最早在12月底已经完成了新型冠状病毒的基因测序工作。发现该病毒为从未发现的新病毒。
目前微远基因在其公众号中也披露了12月底与疾控系统合作对新型冠状病毒进行基因测序等分析工作的事实。


推测最早新型冠状病毒的发现过程，就是由与医院合作的第三方检测机构，在检测医院提供的患者样本时发现的。但在官方发布的公告中未见相关内容。