脉络终于清晰，新型冠状病毒到底来自何方？

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今天，华南农业大学的新闻发布会引爆了舆论，他们声称从穿山甲里分离到一株与新型冠状病毒2019-nCoV序列相似度在99%的病毒。
这给出了非常强烈的证据，暗示穿山甲是这次疫情主角新型冠状病毒的中间宿主。
我们以此为事实出发，来探寻新型冠状病毒起源于何处？

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相关知乎问题：如果穿山甲是新型冠状病毒的中间宿主，那么病毒可能是怎么来的？

一、病毒源头在哪？

一篇国际杂志编辑部在去年（2019）9月30号收到的手稿，是第一次证实穿山甲可以携带冠状病毒的报道[1]。【记住时间节点】
这里面作者提到，广东野生动物救助中心在2019年3月24日从缉私局处获得了21只马来亚穿山甲。而绝大多数穿山甲的健康状况都很糟糕。【记住时间节点】，虽然救助中心做了很大努力，但是还是死了16只，而且绝大多数穿山甲的症状有肺肿胀并含泡沫样积水, 肺纤维化、部分个体还有肝脾肿大。随后作者对其中死亡的11只个体采样，包括肺脏、淋巴和脾脏进行高通量测序。结果比对发现很多病毒的阅读序列，包括副黏病毒（比如仙台病毒），其中有两只个体发现有冠状病毒的序列。
而后他们又对测到的冠状病毒与现有的冠状病毒进行比对，发现在穿山甲里测序出来的冠状病毒与蝙蝠里面的SARS样冠状病毒的序列相似度非常接近。
他们把相关序列提交至NCBI，代码是PRJNA573298。
二、病毒怎么进化的？

而几天前，在流感病毒序列分享网站（最早的新型冠状病毒序列分享的网站）[2]上出现了一篇预印本论文的数据集[3]。他们干的事是把2019-nCoV上面S蛋白结合受体的结构域——RBD进行了比对，发现这部分氨基酸的序列与广东野生动物救助中心提交的、从穿山甲里面测序出来的冠状病毒的RBD序列的相似度在97%！！！
而之前武汉病毒所石正丽团队提交的论文表示[4]，2019-nCoV的全序列与一株蝙蝠来源的RaTG3毒株相似度很高，达到96.2%。但是最大的差异在S蛋白上，其中与S-RBD的序列相似度在93.1%。
这两部分的结果表明在武汉开始传播的新型冠状病毒很可能是从蝙蝠跳跃至穿山甲，并在穿山甲中可能发生了病毒重组，利用了穿山甲中冠状病毒的S蛋白的受体结合结构域。

三、病毒是如何在武汉传播开来的？

根据上面的结论，病毒的传播路径已经比较清晰了。
缉私局查获的马来亚穿山甲来自于东南亚，而石正丽研究员分离到序列最接近的毒株RaTG3也是来自于云南的一个蝙蝠洞。云南紧贴西南边境，而野生动物并不会被国境线所限制，蝙蝠可以飞，穿山甲也可以过。所以在这里可能因为蝙蝠与穿山甲的接触导致了冠状病毒的第一次种属跨越。
而缉私局查获的这批21只穿山甲可能并不是当时的全部赃物。
可能有其他的漏网之鱼，而这些漏网之鱼很可能通过一定的运输途径运到了武汉华南海鲜市场，并且进行这批穿山甲走私的人员很可能就是第一批被感染人群，而接手穿山甲并进行运输的人员可能也是比较早期的患者，0号病人可能就在这两种人群中间。而在海鲜市场的聚集性病例，是我们第一时间得知病毒发生第二次种属跨越的结果。
也就是说，走私、运输穿山甲可能导致了病毒的第二次跨越种属，这时候病毒可能就具备了人传人的能力。这些人群作为最初的传染源导致了后续的病例暴发。
但是也不能排除海鲜市场在接货时候，海鲜市场相关人群是被人传人感染的，还是在这里又一次发生了病毒的种属跨越，也就是病毒从穿山甲到市场相关人员人。
所以，现在回溯调查穿山甲走私和运输情况很可能能确定最初的传染源。

可以准备拍电影了。
四、想说的话！

没有买卖就没有杀害！！

相关科普：
参考

• ^Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica). Viruses 2019, 11(11), 979; https://doi.org/10.3390/v11110979
  
• ^http://virological.org/t/ncov-2019-spike-protein-receptor-binding-domain-shares-high-amino-acid-identity-with-a-coronavirus-recovered-from-a-pangolin-viral-metagenomic-dataset/362
  
• ^Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV. doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.22.915660
  
• ^A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin.https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7