现在断言还有些早。
今天有一个消息相信很多人都看到了，来自北京大学等五个单位的研究人员在医学病毒学杂志《 Journal of Medical Virology 》在线发表了一篇题为 “在刺突糖蛋白基因里的重源重组可能加速新发现的冠状病毒从蛇到人的跨种传播（Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human）” 的学术论文，在该研究中，专家认为武汉冠状病毒很有可能是来以蛇为宿主，消息一出，很多人哗然，不少人纷纷指责和蛇有关的一些饮食以及人群。
对于这个，我是持有怀疑态度的，或者说，我认为，这个结论得出的太武断。
我是做生物信息学的，但是对于这门学科，我经常自嘲是“科学算命”，因为无论如何，生物学本身是实验科学，而通过计算机去计算这种办法，最多也只是一个侧面补充。
这篇论文是一篇生物信息学文章，作者通过比较不同生物的密码子偏好性分析显示蛇最有可能是武汉新型冠状病毒的动物宿主，这里稍微说明下，大家都知道DNA是可以编码蛋白质的，三个碱基编码一个氨基酸，一共有64种密码子，但是不同生物在使用这些密码子的时候是有一些偏好性的，比如人和昆虫的密码偏好性就有区别，所以密码子偏好性可以有一定程度上的预测性。
但是这个研究是有问题的，主要表现在以下方面：
不同预测使用的碱基数量是不一样的，这就会导致预测效果会被打折扣预测密码子偏好性和宿主并无直接关系。密码子偏好性更像其实只是一种进化的思路，但是和宿主与否并无直接关系，以为寄生本身不需要考虑密码子偏好性，否则人体内的肠道微生物和人类的密码子不一样，人家在人体内依然生活的非常好。
而最为明显的证据是：作者把来自蝙蝠的冠状病毒也用这种办法比较了下，结果发现这种冠状病毒的密码子偏好性依然是蛇，然而众所周知，这种病毒人家已经证实寄生在了蝙蝠身上了。可以说，这是现场打脸啊。
请看下图最左面两个病毒，分别是这次武汉的冠状病毒(2019-ncovwiv04)和一种已经证实在蝙蝠中存在的病毒（bat-sl-covzc45）(发现于南京的蝙蝠）
因此，该结论不可信。 |
发表于 2020-2-13 20:02:08